مستشفى قنا الجامعى من المستشفيات التى تخدم أهالى محافظة قنا وتقدم لهم الخدمة العلاجية مجانًا على مدار الأسبوع وتستقبل كذلك الحالات المحولة من المستشفيات فى المراكز والوحدات بالقرى، وتم افتتاح مستشفى قنا الجامعى أكتوبر 2008 لتبدأ فى تقديم خدماتها لأبناء إقليم جنوب الوادى بافتتاح عيادات خارجية فى تخصصات الرمد والباطنة والجلدية، وفى شهر يناير 2009 تم افتتاح العيادات الخارجية بالمستشفى الجامعى بمنطقة المعبر بقنا مارس 2009.
تعمل عيادات جراحة القلب والصدر وعيادة جراحة المخ والأعصاب يومى السبت والأربعاء من كل أسبوع، وعيادة الأمراض الجلدية والتناسلية وأمراض الذكورة، وعيادة المسالك البولية أيام الأحد والثلاثاء والخميس من كل أسبوع، فيما تعمل عيادة الأنف والأذن والحنجرة وعيادة الأمراض النفسية الأحد والثلاثاء والأربعاء من كل أسبوع.
وموعد عمل عيادة الأمراض الصدرية بمستشفى قنا الجامعى أيام السبت والإثنين والخميس، أما عيادة طب المناطق الحارة والجهاز الهضمى والكبد تعمل أيام السبت والثلاثاء والخميس.
وتضم مستشفيات قنا الجامعية وحدة العلاج بالليزر التابعة لقسم الأمراض الجلدية، وحدة مناظير الجهاز الهضمى والأشعة المقطعية وحضانات الأطفال، وحدة تفتيت الحصوات بالليزر، وحدة قسطرة القلب، وحدة الغسيل الكلوى، وحدة اشعة الرنين المغناطيسى، وحدة عناية القلب، المعجل الخطى والحقن المجهرى والعناية المركزة للأطفال، وحدة السمعيات والاتزان، وحدة قسطرة المخ.
